U zou waarschijnlijk een IN . gebruiken clausule in uw DELETE :
DELETE FROM `EmployeeTable` WHERE EmployeeID IN (2, 3, 4, 5, ...)
Dit kan worden geïmplementeerd met de String.Join methode om de lijst te genereren:
var query = "DELETE FROM `EmployeeTable` WHERE EmployeeID IN (" +
String.Join(",", myArray) + ")";