Allereerst moet je klassen gebruiken voor je selecties in plaats van een id. jQuery retourneert slechts één element wanneer u een id gebruikt. Daarna converteert de volgende functie alle waarden van de selecties die u als parameter als array geeft.

/**
 * Convert select to array with values
 */    
function serealizeSelects (select)
{
    var array = [];
    select.each(function(){ array.push($(this).val()) });
    return array;
}

Dus:

var course_ids = serealizeSelects($('.course_id'));

Moet bijvoorbeeld terugkeren:

[1,3,2]