Gebruik lsof -i TCP:3306 of netstat -lp | grep 3306 om erachter te komen wat er al luistert op poort 3306 - er moet iets op luisteren.
Je zou kunnen overwegen om de server op een andere poort te staren (bewerk my.cnf en wijzig daar de standaardpoort).
Mogelijk moet u dit als root uitvoeren, d.w.z. sudo lsof -i TCP:3306