Als u een UPDATE LOW_PRIORITY table ... u zorgt ervoor dat het uw update alleen uitvoert als het niets anders doet. Daarnaast denk ik niet dat er veel opties zijn binnen MySQL.
Veroorzaakt het nu ook problemen of optimaliseer je gewoon iets dat geen probleem is? Persoonlijk, als ik updates als deze zou batchen, zou ik gewoon alle ID's in memcached invoegen en een cronjob gebruiken om elke 5 minuten bij te werken.