Dat komt omdat je de categorieën nog steeds in de array hebt als je ze al hebt toegewezen. Wat u kunt doen, is de functie uitvoeren waarbij u het argument als referentie doorgeeft, en de in de foreach-lus om de array uit die reeds toegewezen categorie te wissen. Eenvoudige implementatie hieronder.
function getChildren(&$rows, $p = 0) {
$r = array();
foreach($rows as $row_id => $row) {
if ($row['parent_node']==$p) {
$r[$row['product_category_code']] = getChildren($rows, $row['product_category_code']);
unset($rows[$row_id]);
}
}
return $r;
}