Het probleem was dat ik was verhuisd van mijn lokale ontwikkelomgeving met IIS5 naar een gedeelde server met IIS7, IIS7 heeft een andere syntaxis voor het registreren van http-modules, dus mijn NHibernate-sessiemodule werd niet geactiveerd, wat het oorspronkelijk beschreven gedrag veroorzaakte.
Om dit probleem op te lossen, heb ik de sectie modules in de web.config onder system.web toegevoegd aan system.webServer, je kunt de validatie-sleutel validerenIntegratedModeConfiguration="false" toevoegen aan de sectie system.webServer waarmee je configuratie de module kan laten registreren onder beide secties zodat u dezelfde configuratie kunt hebben voor IIS5/IIS7.