Ik ben onlangs een soortgelijk probleem tegengekomen met MySQL in een van mijn productiesystemen.
Zoals een commentator hierboven opmerkte, is het probleem het zoeken met jokertekens in het tekstveld, en in het bijzonder het leidende % in de zoekopdracht.
We hebben het leidende percentage verlaagd en de tijd die nodig is voor een zoekopdracht met verschillende ordes van grootte verminderd (van een server die 60 seconden + maalt tot "helemaal geen tijd").
Alternatieven zijn het gebruik van een Full-Text index of een systeem zoals Lucene om te zoeken.