Ik probeer het gewoon hier (niet 100% zeker) maar heb je geprobeerd de bestemmingskolommen als volgt toe te voegen:
mysql_query("LOAD DATA LOCAL INFILE '".$_FILES['my_file']['tmp_name']."'
INTO TABLE table_tracking FIELDS TERMINATED BY ','
OPTIONALLY ENCLOSED BY '\"'
LINES TERMINATED BY '\n'
(tracking_number,order_id)");
U heeft drie kolommen in uw tabel en geeft slechts twee gegevens op.