Je hebt gelijk, je kunt je alias niet noemen in de WHERE- of HAVING-clausules, maar verder weet ik niet zeker wat je bedoelt; GROUP BY en HAVING zijn bedoeld om samen te gebruiken:
SELECT a.ID, sum(b.Qty*b.Price) AS Subtotal
FROM tbl_One AS a
LEFT JOIN tbl_Two AS b ON b.TwoID = a.ID
GROUP BY a.ID
HAVING sum(b.Qty*b.Price) > 100 AND sum(b.Qty*b.Price) < 200