Het probleem was met MySQL 5.5, dat subquery's inefficiënt uitvoert. Mijn thuis-pc gebruikt MySQL 5.6, wat in dit opzicht veel beter is. Dus ik heb MySQL op EC2 geüpgraded naar versie 5.6 en het werd bijna net zo snel als mijn thuis-pc (voor zover gelijktijdige zoekopdracht betreft).
