1. Gebruik file() niet tenzij u de gegevens regel voor regel wilt hebben. file_get_contents() is beter.
2. $query==file($file_name); Ik denk niet dat je hier een vergelijking wilt maken.
3. mysql_query zal slechts één enkele query tegelijk uitvoeren. Je zult een manier moeten bedenken om je zoekopdrachten in het bestand te scheiden en ze een voor een uit te voeren.