Alleen PHP gebruiken zou nogal lastig zijn, je zou alle records uit je mysql-tabel moeten halen, de juiste tabellen in sqlite3 moeten maken en de records moeten invoegen.
Voor zover ik weet, wil je het gewoon automatisch doen, dus ik zou geen kwaad zien in het gebruik van shell-programma's. U kunt dit vrij eenvoudig doen met behulp van de exec functie:http://nl3.php.net/manual/en/function .exec.php