Ik gebruik NestedSet voor het opslaan van de ACL-hiërarchie en cache om dingen te versnellen.
Doctrine ORM voor PHP - NestedSet
Hier is een bericht dat ook nuttig kan zijn:
Zend_Acl deel 3:dynamische ACL's maken en opslaan | CodeUtopia - De blog van Jani Hartikainen
(kijk ook naar de twee voorgaande delen).