Ik zou een tracering instellen in SQL Server Profiler om te zien welke instellingen voor SET-opties de verbinding gebruikt bij het verbinden vanuit .NET-code en welke instellingen worden gebruikt in SSMS. Met instellingen voor SET-opties bedoel ik
ARITHABORT
ANSI_NULLS
CONCAT_NULL_YIELDS_NULL
//etc
Bekijk MSDN voor een tabel met opties
Ik heb het probleem eerder gezien waarbij de opties anders waren (in dat geval ARITHABORT ) en het prestatieverschil was enorm.