Ik kreeg hier een duidelijk antwoord van Microsoft http://social.msdn.microsoft.com/Forums/en-US/ssdt/thread/c66c2296-c94e-4f21-993e-7d3090a596a5
Visual Studio Express 2012 for Web ondersteunt de nieuwe SQL Server Data Tools niet. Om met een databaseproject te werken (conversie van de oude dbproj of een geheel nieuw project maken), moet u Visual Studio 2010 Shell gebruiken. De fouten die ik kreeg van Opgeslagen procedures werden veroorzaakt omdat de sql-scripts niet correct waren geïmporteerd. De oude dbproj had de sql-scripts in willekeurige mappen. De oplossing was om alle sql-scripts uit te sluiten van het project dat ik zojuist had geconverteerd vanuit een dbproj, en vervolgens de sql-scripts opnieuw te importeren. Als je dat doet, herkent het project ze en ontstaan er geen fouten.