Verhoog de geheugenlimiet en scripttijd van je php, dat komt omdat je de mysql-instructie uitvoert via de php-server.
Controleer je php.ini-bestand op deze vars:
memory_limit
max_execution_time
Maar hoe dan ook, ik zou het doen via de mysql-client (terminal), check mysql doc
LOAD DATA LOCAL INFILE '/path/to/your/csv/file/csv_file.csv' INTO TABLE database_name.table_name FIELDS TERMINATED BY ',' ENCLOSED BY '"' LINES TERMINATED BY '\n';
Mysql-documentatie - Syntaxis voor gegevensinfile laden PHP-documentatie - Ini core-instellingen