Ik heb deze zeer vergelijkbare vraag eerder beantwoord. De beperkingen van Map Reduce in MongoDB zijn eerder uiteengezet - zoals u al zei, het is single threaded, het moet worden geconverteerd naar Java Script (spidermonkey) en terug, enz.
Daarom zijn er andere opties:
- De MongoDB Hadoop Connector (officieel ondersteund)
- Het aggregatieraamwerk (vereist 2.1+)
Op het moment van schrijven was de stabiele 2.2.0-release nog niet uit, maar het was aan RC2, dus de release zou op handen zijn. Ik zou aanraden om het eens te proberen als een zinvollere vergelijking voor dit soort testen.