Hoe kan ik alleen documenten opvragen met de laatste tijdstempel van een groep?

Je combineert hier een paar methoden terwijl je alles in de aggregatiepijplijn kunt doen. Anders is het gewoon een kwestie van je stappen in de juiste volgorde zetten:

db.collection.aggregate([
    {$sort: { createdOn: -1 }},
    {$group: { _id: "$itemId", 
        createdOn: {$first: "$createdOn"},
        field1: {$first: "$field1" },
        field2: {$first: "$field2" }
    }},
    {$match: { field1: "foo" }}
])

Sorteer dus eerst op de nieuwste documenten. Groeperen op de itemId ( bestelling wordt gehandhaafd voor $first ), en filter vervolgens met $match als dat moet. Maar uw gegroepeerde documenten zijn de nieuwste.