Na wat vallen en opstaan kwam ik met de volgende query die doet wat ik nodig heb. In principe scheid ik cijfers van het einde van de reeks en verwijder dan dat aantal tekens voordat ik het volgende nummer scheid. De kolom versie 1 is beperkt tot positieve getallen van 2 cijfers, maar dat is een beperking waar ik in mijn geval mee kan leven.
SELECT
IF(CAST(RIGHT(SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -3)) - 1), '.', -1),2) AS DECIMAL) > 0,
CAST(RIGHT(SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -3)) - 1), '.', -1),2) AS DECIMAL),
CAST(RIGHT(SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -3)) - 1), '.', -1),1) AS DECIMAL)) AS version1,
SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -2)) - 1), '.', -1) as version2,
SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -1)) - 1), '.', -1) as version3,
SUBSTRING_INDEX(version, '.', -1) as version4
FROM Version
HAVING version1 >= 5
;