Een tijdelijke oplossing, gevonden in http://bugs.mysql.com/bug.php? id=6980 , dat voor mij werkte, is om een alias te maken voor de subquery die de items zal retourneren. Dus
delete from table1 where id in
(select something from table1 where condition)
zou worden gewijzigd in
delete from table1 where id in
(select p.id from (select something from table1 where condition) as p)