Het is mogelijk om dit probleem op te lossen door je associatie twee keer op de volgende manier in kaart te brengen met @Where annotatie.
@ManyToMany(mappedBy = "agents")
@Where(clause = "status = 'ACTIVE'")
private List activeMissions
@ManyToMany(mappedBy = "agents")
private List missions
Volledige uitleg vindt u hier https://thoughts- on-java.org/hibernate-tips-filter-entities-mapped-association/